昨年度、東京工業大学のスーパーコンピューターTSUBAME2.0の「先端研究基盤共用・プラットフォーム形成事業」を利用して、弊社取扱の Cresset 社の創薬向け化合物仮想スクリーニングシステム blazeV10 の並列化ベンチマーク試験を行いました。

今回、スクリーニングの対象とした化合物データベースは110万化合物で、並列化の条件を様々に変えながら最適なコア数を導出しました。今回の結果では約 500 コア(約 42 ノード)に最適点があり、それ以上になると分散に係る処理がオーバーヘッドとなることが解りました。

化合物データベースがさらに大きくなると、最適なコア数はさらに増えることが予想されますが、今回は利用ポイントの制限から断念しました。

最終的には、2400 コアまでの並列化の試験を行い、これまでのTSUBAMEにおいてもかなり大規模な試験の一つだったようです。

今回は、商用のパッケージ製品をベースに試験を行いましたが、弊社ではスパコン用のコードの最適化の技術も持っていますので、お悩みの時は是非ご相談ください。(最後は宣伝になってしまい、すみません m(_ _)m )


利用報告書は下記:

リガンドベースの仮想スクリーニングシステムの大規模システムによる実用実験

http://www.gsic.titech.ac.jp/node/646

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